De nombreuses fonctions de traçage de haut niveau (par exemple, plot, hist et boxplot) vous permettent d'inclure les options d'axe et de texte, ainsi que des paramètres graphiques. Par exemple, la suite ajoute un titre (principal), un sous-titre (sous), des étiquettes d'axe (xlab, ylab) et des plages d'axe (xlim, ylim). Les résultats sont présentés à la figure 3.8:
parcelle (dose, drugA, type = "b",
col = "rouge", lty = 2, pch = 2, lwd = 2,
principal = "Essais cliniques pour le médicament A",
sub = "Ceci est une donnée hypothétique",
xlab = "Dosage", ylab = "Réponse du médicament",
xlim = c (0, 60), ylim = c (0, 70))
Encore une fois, toutes les fonctions ne vous permettent pas d'ajouter ces options. Voir l'aide pour la fonction d'intérêt pour voir quelles options sont acceptées. Pour un contrôle plus fin et pour la modularisation,
vous pouvez utiliser les fonctions décrites dans le reste de cette section pour contrôler les titres,
les axes, les légendes et les annotations de texte.
REMARQUE Certaines fonctions de traçage de haut niveau incluent des titres et des étiquettes par défaut.
Vous pouvez les supprimer en ajoutant
ann = FALSE dans l'instruction plot () ou dans un
séparé
par () déclaration.
3.4.1 Titres
20 30 40 50 60
drugA
20 30 40 50 60
dose
Utilisez la fonction title () pour ajouter un titre et des étiquettes d'axe à un graphique. Le format est
titre (principal = "titre principal", sous = "sous-titre"
xlab = "étiquette d'axe x", ylab = "étiquette d'axe y")
15 20 25 30 35 40
drugB
Figure 3.7 Graphique linéaire de la dose par rapport à la réponse pour le médicament A et le médicament B
20 30 40 50 60
dose
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57 Ajout de texte, axes personnalisés et légendes
Les paramètres graphiques (tels que la taille du texte, la police, la rotation et la couleur) peuvent également être spécifiés
dans
Titre().
Par exemple, le code suivant produit
un titre rouge et un sous-titre bleu,
et crée des étiquettes x et y vertes qui sont
25% inférieur à la taille du texte par défaut:
titre (principal = "Mon titre", col.main = "rouge",
sous = "Mon sous-titre", col. = bleu
xlab = "Mon étiquette X", ylab = "Ma marque Y",
col.lab = "vert", cex.lab = 0.75)
La fonction title () est généralement utilisée pour ajouter des informations à un graphique dans lequel la
Le titre par défaut et les étiquettes d'axe ont été supprimés via le
ann = FALSE option.
3.4.2 Axes
0 10203040506070
Réponse au médicament
0 102030405060
Plutôt que d'utiliser les axes par défaut de R, vous pouvez créer des axes personnalisés avec la fonction axis ().
Le format est
axe (côté, à =, étiquettes =, pos =, lty =, col =, las =, tck =, ...)
où chaque paramètre est décrit dans le tableau 3.7.
Tableau 3.7 Options de l'axe
Essais cliniques pour le médicament A
Il s'agit de données hypothétiques
Dosage
Description de l'option
Figure 3.8 Graphique linéaire de la dose vs.
réponse pour le médicament A avec titre, sous-titre,
et axes modifiés
côté Entier indiquant le côté du graphique sur lequel dessiner l'axe (1 = bas, 2 =
gauche, 3 = haut et 4 = droite).
au vecteur numérique indiquant où les marques doivent être dessinées.
Tableau 3.7 Options de l'axe (suite)
Description de l'option
étiquettes vecteur de caractères des étiquettes à placer sur les marques de repère (si NULL, les valeurs à valeurs
sont utilisés).
Pos Coordonnée à laquelle la ligne d'axe doit être dessinée (c'est-à-dire la valeur sur l'autre axe
où il traverse).
Lty Type de ligne.
Col Line et tick mark color.
Las Spécifie que les étiquettes sont parallèles (= 0) ou perpendiculaires (= 2) à l'axe.
tck Longueur de chaque marque en tant que fraction de la région de traçage (un nombre négatif est
en dehors du graphique, un nombre positif est à l'intérieur, 0 supprime les tiques et 1 crée
lignes de répartition). La valeur par défaut est -0.01.
(...) Autres paramètres graphiques.
Lors de la création d'un axe personnalisé, vous devez supprimer l'axe généré automatiquement
par la fonction de traçage de haut niveau. L'option
axes = FALSE
supprime tous les axes
(comprenant
toutes les lignes de trame d'axe, sauf si vous ajoutez l'option
frame.plot = TRUE).
le
les options
xaxt = "n"
et yaxt = "n"
supprimez l'axe des x et l'axe des y, respectivement (en quittant
la
lignes de trame, sans tiques). L'énumération 3.2 est
un exemple un peu bête et exagéré
cette
démontre chacune des fonctionnalités que nous avons
discuté jusqu'à présent.
Le graphique résultant est
présenté
dans la figure 3.9.
246810
Valeurs X
dix
5
3.33
2.5
1.67
2
1,25
1.43
1
1.11
y = 1 / x
Figure 3.9 Une démonstration
des options d'axe
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59 Ajout de texte, axes personnalisés et légendes
Liste 3.2 Un exemple d'axes personnalisés
x <- c (1:10)
y <- x
z <- 10 / x
opar <- par (no.readonly = TRUE)
par (mar = c (5, 4, 4, 8) + 0,1)
tracé (x, y, type = "b",
pch = 21, col = "rouge",
yaxt = "n", lty = 3, ann = FALSE)
lignes (x, z, type = "b", pch = 22, col = "bleu", lty = 2)
axe (2, a = x, étiquettes = x, col.axis = "rouge", las = 2)
axe (4, à = z, étiquettes = rond (z, chiffres = 2),
col.axis = "blue", las = 2, cex.axis = 0.7, tck = -. 01)
mtext ("y = 1 / x", côté = 4, ligne = 3, cex.lab = 1, las = 2, col = "bleu")
titre ("Un exemple d'axes créatifs",
xlab = "valeurs X",
ylab = "Y = X")
par (opar)
À ce stade, nous avons couvert tout dans la liste 3.2 sauf la ligne () et mtext ()
déclarations. Une instruction plot () démarre un nouveau graphique. En utilisant line () à la place, vous pouvez
ajoutez de nouveaux éléments graphiques à un graphique existant. Vous l'utiliserez à nouveau lorsque vous tracez le
réponse du médicament A et du médicament B sur le même graphique à la section 3.4.4. le
Fonction mtext ()
est utilisé pour ajouter du texte aux marges de l'intrigue.
mtext ()
est couvert par la section 3.4.5,
et
ligne()
est couvert plus en détail au chapitre 11.
Marquages mineurs
Notez que chacun des graphiques que vous avez créés jusqu'à présent présente des marques principales mais pas
marques mineures. Pour créer des repères mineurs, vous avez besoin de
mine.tick () fonction
dans le
Ensemble Hmisc. Si vous n'avez pas encore installé Hmisc, assurez-vous de l'installer
d'abord (voir chapitre 1, section 1.4.2). Vous pouvez ajouter des marques de crédit mineures avec le code
bibliothèque (Hmisc)
minor.tick (nx = n, ny = n, tick.ratio = n)
où nx et ny spécifient le nombre d'intervalles dans lesquels diviser la zone entre
marques principales sur l'axe des abscisses et l'axe des y, respectivement.
tick.ratio est la taille de la
marque mineure par rapport à la marque principale. La longueur actuelle de la touche principale
marque peut être récupérée en utilisant
par ("tck"). Par exemple, la déclaration suivante ajoute
une marquage entre chaque marque principale sur l'axe des abscisses et deux marques entre
chaque marque principale sur l'axe des y:
minor.tick (nx = 2, ny = 3, tick.ratio = 0,5)
Spécifie les données
Augmente les marges
Plots x par rapport à y, suppression des annotations
Ajoute une ligne x versus 1 / x
Dessine les axes
Ces marques seront 50% aussi longtemps que les marques principales. Un exemple de mineur
les marques de repère sont données à la section 3.4.4 (liste 3.3 et figure 3.10).
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Ajoute des titres et du texte
60 CHAPITRE 3 Début des graphiques
3.4.3 Lignes de référence
La fonction abline () est utilisée pour ajouter des lignes de référence à un graphique. Le format est
abline (h = yvalues, v = xvalues)
D'autres paramètres graphiques (tels que le type de ligne, la couleur et la largeur) peuvent également être spécifiés
dans le
Fonction abline (). Par exemple
abline (h = c (1,5,7))
ajoute des lignes horizontales solides à y = 1, 5 et 7, alors que le code
abline (v = seq (1, 10, 2), lty = 2, col = "blue")
ajoute des lignes verticales bleues pointillées à x = 1, 3, 5, 7 et 9. Le Listing 3.3, dans la section suivante,
crée une ligne de référence pour l'exemple de médicament à y = 30. Le graphique résultant est affiché
à la figure 3.10 (également
dans la section suivante).
3.4.4 Légende
Lorsque plus d'un ensemble de données ou de groupes est incorporé dans un graphique, une légende peut
vous aider à identifier ce qui est représenté par chaque barre, une tranche de tarte ou une ligne. Une légende
peut être ajouté (pas étonnamment) avec le
fonction legend (). Le format est
légende (emplacement, titre, légende, ...)
Les options courantes sont décrites dans le tableau 3.8.
Tableau 3.8 Options de la légende
Description de l'option
emplacement Il existe plusieurs façons d'indiquer l'emplacement de la légende. Vous pouvez donner une coordonnée x, y
pour son coin supérieur gauche.
Toi
peut utiliser le localisateur (1),
auquel cas vous utilisez le
Souris
pour indiquer la légende
emplacement. Toi
peut également utiliser le mot clé
bas,
en bas à gauche,
la gauche,
en haut à gauche,
Haut,
en haut à droite,
droite,
en bas à droite,
ou
centre pour placer la légende dans le graphique. Si vous utilisez un de ces mots-clés, vous pouvez
Utilisez également l'insertion = pour spécifier un montant pour déplacer la légende dans le graphique (en une fraction
de la région de l'intrigue).
titre Chaîne de caractères pour le titre de légende (facultatif).
légende vecteur de caractère avec les étiquettes.
... Autres options. Si la légende marque les lignes colorées, spécifiez col = et un vecteur de couleurs.
Si la légende marque les symboles point, spécifiez pch = et un vecteur de symboles point. Si la
les lignes légendaires, la largeur de la ligne ou le style de ligne, utilisez lwd = ou lty = et un vecteur de largeurs ou
modes. Pour créer des zones colorées pour la légende (communes dans les tableaux bar, boîte et circulaire)
utiliser fill = et un vecteur de couleurs.
D'autres options de légende communes incluent
bty pour le type de boîte, bg pour la couleur de fond, cex
pour la taille et text.col pour la couleur du texte. Spécifier horiz = TRUE définit l'horreur de la légende
Examinons un exemple en utilisant les données sur les médicaments (liste 3.3). Encore une fois, vous utiliserez un
nombre de fonctionnalités que nous avons couvert jusqu'à présent. Le graphique résultant est présenté
à la figure 3.10.
Liste 3.3 Comparaison de la réponse du médicament A et du médicament B par dose
dose <- c (20, 30, 40, 45, 60)
drugA <- c (16, 20, 27, 40, 60)
drugB <- c (15, 18, 25, 31, 40)
opar <- par (no.readonly = TRUE)
par (lwd = 2, cex = 1.5, font.lab = 2)
parcelle (dose, drugA, type = "b",
pch = 15, lty = 1, col = "red", ylim = c (0, 60),
principal = "Médicament A contre drogue B",
xlab = "Drug Dosage", ylab = "Drug Response")
lignes (dose, drugB, type = "b",
pch = 17, lty = 2, col = "blue")
abline (h = c (30), lwd = 1,5, lty = 2, col = "gris")
bibliothèque (Hmisc)
minor.tick (nx = 3, ny = 3, tick.ratio = 0,5)
légende ("topleft", inset = .05, title = "Type de médicament", c ("A", "B")
lty = c (1, 2), pch = c (15, 17), col = c ("rouge", "bleu"))
par (opar)
Presque tous les aspects du graphe dans fig-
ure 3.10 peut être modifié en utilisant le
options décrites dans ce chapitre. De plus,
il existe plusieurs façons de spécifier
la
options souhaitées. L'annotation finale
à considérer est l'ajout de texte
à
l'intrigue elle-même. Ce sujet est couvert
dans
la prochaine section.
3.4.5 Notes textuelles
Le texte peut être ajouté aux graphiques en utilisant le
Fonctions texte () et mtext (). texte()
place le texte dans le graphique, alors que
mtext () place le texte dans l'un des quatre
marges. Les formats sont
0
10 20 30 40 50 60
Réponse au médicament
Augmente la ligne, le texte, le symbole et la taille de l'étiquette
Génère le graphique
Ajoute des marques secondaires mineures
Type de médicament
UNE
B
Ajoute une légende
Drug A vs. Drug B
20 30 40 50 60
Dosage du médicament
Figure 3.10 Une comparaison annotée du médicament A
et le médicament B
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62 CHAPITRE 3 Mise en route des graphiques
texte (emplacement, "texte à placer", pos, ...)
mtext ("texte à placer", côté, ligne = n, ...)
et les options communes sont décrites dans le tableau 3.9. D'autres options communes sont cex,
col et police (pour la taille, la couleur et le style de police, respectivement).
Tableau 3.9 Options pour les fonctions text () et mtext ()
Description de l'option
emplacement L'emplacement peut être une coordonnée x, y. Alternativement, vous pouvez placer le texte de manière interactive
via la souris en spécifiant l'emplacement comme localisateur (1).
Pos Position relative à l'emplacement. 1 = ci-dessous, 2 = gauche, 3 = ci-dessus et 4 = droite. Si vous
spécifiez pos, vous pouvez spécifier offset = en pourcentage de la largeur du caractère.
côté Quelle marge pour placer le texte dans, où 1 = en bas, 2 = gauche, 3 = en haut et 4 = vers la droite.
Vous pouvez spécifier la ligne = pour indiquer la ligne dans la marge, en commençant par 0 (le plus proche de
la zone de la parcelle) et de déménager. Vous pouvez également spécifier adj = 0 pour l'alignement gauche / bas
ou adj = 1
pour l'alignement supérieur / droit.
le
La fonction text () est généralement utilisée pour les points d'étiquetage ainsi que pour ajouter d'autres
annotations de texte. Spécifier
emplacement comme un ensemble de coordonnées x, y, et spécifiez le texte à
place comme vecteur d'étiquettes. Les vecteurs x, y et label doivent tous avoir la même longueur. Un
un exemple est donné ci-dessous, et le graphique résultant est illustré à la figure 3.11:
Toyota Corolla
Lotus Europa
Honda Civic
Fiat X1-9
Fiat 128
Kilométrage vs. poids de voiture
2
34
5
10 15 20 25 30
Porsche 914-2
Datsun 710
Toyota Corona
Volvo 142E
Merc 240D
Merc 230
Hornet 4 Drive
Mazda RX4Mazda RX4 Wag
Kilométrage
Ferrari Dino
Merc 280
Hornet Sportabout
Vaillant
Merc 280C
Ford Pantera L
Poids
Pontiac Firebird
Merc 450SE
Merc 450SL
Dodge Challenger
AMC Javen
Merc 450SLC
Maserati Bora
Duster 360
Camaro Z28
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Chrys
Cadillac Li
n
Figure 3.11 Exemple
d'une parcelle de dispersion (voiture
poids par rapport au kilométrage)
avec points étiquetés (voiture
marque et modèle)
63 Ajout de texte, axes personnalisés et légendes
attacher (mtcars)
parcelle (wt, mpg,
principal = "Kilométrage par rapport au poids de voiture",
xlab = "Poids", ylab = "Kilométrage",
pch = 18, col = "bleu")
texte (wt, mpg,
row.names (mtcars),
cex = 0,6, pos = 4, col = "rouge")
détacher (mtcars)
Cet exemple illustre le kilométrage de la voiture par rapport au poids de la voiture pour l'automobile 32 rend pro-
dans la
cadre de données de mtcars. La fonction text () permet d'ajouter la voiture à
le droit de chaque point de données. Les étiquettes des points sont rétrécies de 40% et présentées en rouge.
Dans un deuxième exemple, le code suivant peut être utilisé pour afficher les familles de polices:
opar <- par (no.readonly = TRUE)
par (cex = 1,5)
parcelle (1: 7,1: 7, type = "n")
texte (3,3, "Exemple de texte par défaut")
texte (4,4, famille = "mono", "Exemple de texte mono-espacé")
texte (5,5, famille = "serif", "Exemple de texte Serif")
par (opar)
Les résultats, produits sur une plate-forme Windows, sont illustrés à la figure 3.12. Ici le
La fonction par () a été utilisée pour augmenter la taille de la police pour produire un meilleur affichage.
La parcelle résultante diffère d'une plate-forme à l'autre, car il est simple, mono et
Le texte serif est mappé à différentes familles de polices sur différents systèmes. À quoi ressemble-t-il
comme sur le vôtre?
Enfin, vous pouvez ajouter des symboles et des formules mathématiques à un graphique en utilisant TeX
règles. Voir
aide (plotmath) pour plus de détails et d'exemples. Vous pouvez également essayer demo (plotmath)
1234567
1: 7
Exemple de texte par défaut
1234567
1: 7
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Figure 3.12 Exemples de police
familles sur une plate-forme Windows
64 CHAPITRE 3 Mise en route des graphiques
pour voir cela en action. Une partie des résultats est présentée à la figure 3.13. le
La fonction plotmath () peut être utilisée pour ajouter des symboles mathématiques à des titres, des étiquettes d'axe ou
annotations de texte dans le corps ou les marges d'un graphique.
Vous pouvez souvent avoir une meilleure idée de vos données en comparant plusieurs graphiques au
une fois. Nous allons donc terminer ce chapitre en cherchant à combiner plus d'un
graphique en une seule image.