SPSS
Dans SPSS, par défaut, la régression logistique binaire prédit la valeur "1" de la variable dépendance et  utilise la valeur "0" comme valeur de référence. C'est-à-dire que la valeur la plus basse est la catégorie de référence de la variable dépendante. Dans SPSS, le niveau de référence par défaut est toujours la valeur la moins codée et ne peut pas être modifié. Bien sûr, le chercheur pourrait inverser l'ordre des valeurs en recodant au préalable.

SAS
Dans SAS, la régression logistique binaire est implémentée avec PROC LOGISTIC, dont la commande MODEL définit la catégorie de référence de la variable dépendante. Par défaut, la catégorie de la variable dépendante la moins codée correspond au niveau prévu et la catégorie codée la plus élevée correspond au niveau de référence. Cette valeur par défaut correspond à la spécification "EVENT = FIRST" dans l'instruction MODEL. Cependant, ceci peut être outrepassé comme dans le segment de code SAS ci-dessous, ce qui fait de la variable dépendante la plus codée (la dernière) la valeur par défaut.

MODEL cappun (EVENT=LAST) = race sex degree
En supposant que cappun est une variable binaire codée par 0 et 1, une autre syntaxe SAS équivalente est:
MODEL cappun (EVENT=’1’) = race sex degree

Notez que le niveau de référence par défaut dans la régression logistique binaire dans SAS est à l'opposé de celui de SPSS, ce qui provoque le retournement des signes des estimations de paramètres sauf si EVENT = LAST est spécifié dans l'instruction MODEL.

Stata
Dans la régression logistique binaire avec Stata, le niveau supérieur (1) est le niveau prévu et le niveau inférieur (0) est le niveau de référence par défaut. Comme dans SPSS, Stata ne propose pas d'option pour modifier le niveau de référence.