Premier pas dans les graphes avec R
3.5 Combinaison de graphiques
Figure 3.13 Résultats partiels
de
démo (plotmath)
R permet de combiner facilement plusieurs graphiques en un graphique global, en utilisant soit le par ()
ou la fonction layout (). À ce stade, ne vous inquiétez pas pour les types spécifiques de graphiques étant
combiné; notre attention ici concerne les méthodes générales utilisées pour les combiner. La création
et interprétation de chaque graphique
type sont abordés dans les chapitres suivants.
Avec le
Par (), vous pouvez inclure le paramètre graphique
mfrow = c (nrows, ncols) pour créer une matrice de nrows × ncols complots qui sont remplis par
rangée. Alternativement, vous pouvez utiliser
mfcol = c (nrows, ncols) pour remplir la matrice par des colonnes.
Par exemple, le code suivant crée quatre parcelles et les arrange en deux
lignes et deux colonnes:
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65Combiner des graphiques
attacher (mtcars)
opar <- par (no.readonly = TRUE)
par (mfrow = c (2,2))
parcelle (wt, mpg, main = "Scatterplot of wt vs. mpg")
trame (wt, disp, main = "Scatterplot of wt vs. disp")
hist (wt, main = "Histogramme de wt")
boxplot (wt, main = "Boxplot of wt")
par (opar)
détacher (mtcars)
Les résultats sont présentés à la figure 3.14.
Dans un deuxième exemple, arrangez trois parcelles en trois lignes et une colonne.
Voici le code:
attacher (mtcars)
opar <- par (no.readonly = TRUE)
par (mfrow = c (3,1))
hist (wt)
hist (mpg)
hist (disp)
par (opar)
détacher (mtcars)
Scatterplot de wt vs. mpg
10 15 20 25 30
mpg
2345
wt
Scatterplot of wt vs. disp
100 200 300 400
disp
02468
La fréquence
Histogramme de poids
2345
wt
2345
Figure 3.14 Graphique combinant quatre figures par par (mfrow = c (2,2))
2345
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wt
Boîte de poids
66 CHAPITRE 3 Mise en route des graphiques
Le graphique est affiché à la figure 3.15. Notez que la fonction de haut niveau hist ()
comprend un titre par défaut (utilisez main = "" pour le supprimer ou ann = FALSE pour supprimer tous les titres
et les étiquettes).
le
La fonction layout () a la mise en forme (mat), où mat est un objet matriciel
en précisant l'emplacement des multiples parcelles à combiner. Dans le code suivant, un
la figure est placée dans la rangée 1 et deux figures sont placées dans la rangée 2:
attacher (mtcars)
mise en page (matrice (c (1,1,2,3), 2, 2, byrow = TRUE))
hist (wt)
hist (mpg)
hist (disp)
détacher (mtcars)
Le graphique résultant est présenté à la figure 3.16.
02468
La fréquence
02468 12
La fréquence
0246
La fréquence
Histogramme de poids
2345
wt
Histogramme de mpg
10 15 20 25 30 35
mpg
Histogramme de disp
100 200 300 400 500
disp
Figure 3.15 Graphique combinant trois figures par par (mfrow = c (3,1))
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02468
La fréquence
024681012
La fréquence
67Combiner des graphiques
En option, vous pouvez inclure widths = et heights = options dans la fonction layout ()
pour contrôler plus précisément la taille de chaque figure. Ces options ont la forme suivante:
■
■
Histogramme de poids
2345
Histogramme de mpg
10 15 20 25 30 35
mpg
wt
01234567
La fréquence
largeurs-Un vecteur de valeurs pour les largeurs des colonnes
hauteurs - Un vecteur de valeurs pour les hauteurs des rangées
Les largeurs relatives sont spécifiées avec des valeurs numériques. Largeurs absolus (en centimètres)
sont spécifiés avec le
Fonction lcm ().
Dans le code suivant, une figure est de nouveau placée dans la rangée 1 et deux chiffres sont
placé dans la rangée 2. Mais le chiffre de la rangée 1 est un tiers de la hauteur des figures de la rangée 2.
En outre, la figure dans la cellule inférieure droite est un quart de la largeur de la figure dans
la cellule bas-gauche:
attacher (mtcars)
mise en page (matrice (c (1, 1, 2, 3), 2, 2, byrow = TRUE),
largeurs = c (3, 1), hauteurs = c (1, 2))
hist (wt)
hist (mpg)
hist (disp)
détacher (mtcars)
Histogramme de disp
100 200 300 400 500
disp
Figure 3.16 Graphique combinant trois figures en utilisant la fonction layout () avec des largeurs par défaut
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68 CHAPITRE 3 Mise en route des graphiques
La fréquence
Le graphique est présenté à la figure 3.17.
Comme vous pouvez le voir,
layout () vous permet de contrôler facilement le nombre et le lieu,
des graphiques dans une image finale et la taille relative de ces graphiques. Voir
aide (mise en page) pour plus de détails.
Histogramme de poids
2345
048
024681012
La fréquence
Histogramme de mpg
mpg
3.5.1 Création d'un arrangement de figures avec un contrôle fin
Il y a des moments où vous souhaitez organiser ou superposer plusieurs chiffres pour créer un
intrigue unique et significative. Cela nécessite un contrôle strict sur le placement des figures.
Toi
peut accomplir ceci avec le
fig =
paramètre graphique. Dans la liste suivante,
deux parcelles de boîtes sont ajoutées à une parcelle de dispersion
pour créer un seul graphique amélioré. le
résultant
Le graphique est représenté à la figure 3.18.
Liste 3.4 Classement des figures dans un graphique
wt
10 15 20 25 30 35
opar <- par (no.readonly = TRUE)
par (fig = c (0, 0,8, 0, 0,8))
parcelle (mtcars $ wt, mtcars $ mpg,
xlab = "Miles Per Gallon",
ylab = "Poids de voiture")
La fréquence
Histogramme de disp
01234567
Figure 3.17 Graphique combinant trois figures à l'aide de la fonction layout () avec des largeurs spécifiées
100 400
Définit le diagramme de dispersion
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disp
69Combiner des graphiques
par (fig = c (0, 0.8, 0.55, 1), nouveau = TRUE)
boxplot (mtboxplot (mtcars $ wt, horizontal = TRUE, axes = FALSE)
par (fig = c (0.65, 1, 0, 0.8), nouveau = TRUE)
boxplot (mtcars $ mpg, axes = FALSE)
mtext ("Enhanced Scatterplot", côté = 3, externe = TRUE, ligne = -3)
par (opar)
Scatterplot amélioré
10 15 20 25 30
Poids de voiture
2345
Miles Per Gallon
Pour comprendre comment ce graphique est créé,
pensez à la zone graphique complète comme
Aller
de (0,0) en bas à gauche
coin
à (1,1) en haut à droite
coin.
Figure
3.19 vous aidera à visualiser ceci.
le
format du
fig =
paramètre est un
vecteur numérique de la forme
c (x1,
x2, y1, y2)
.
La première
fig = met en place la dispersion
parcours allant de 0 à 0,8 sur l'axe des x
et 0 à 0,8 sur l'axe des y. La boîte supérieure
(0,0)
Ajoute un graphique de boîte ci-dessus
Ajoute un tracé de boîte à droite
y2
Figure 3.18
Une parcelle de dispersion
avec deux boîtes
des parcelles ajoutées à
les marges
x1 x2
y1
Figure 3.19 Spécification des emplacements utilisant
la
fig = paramètre graphique
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(1,1)
70 CHAPITRE 3 Début des graphiques
Le graphique passe de 0 à 0,8 sur l'axe des x et de 0,55 à 1 sur l'axe des y. L'encadré sur le
droit passe de 0,65 à 1 sur l'axe des x et de 0 à 0,8 sur l'axe des y.
fig = commence une nouvelle parcelle,
Donc, lorsque vous ajoutez un chiffre à un graphique existant, incluez le
new = option TRUE.
J'ai choisi 0.55 plutôt que 0.8 afin que le chiffre supérieur soit plus proche de
parcelle de dispersion. De même, j'ai choisi 0.65 pour extraire le tracé de la case à droite plus près de la dispersion
terrain. Toi
doit expérimenter pour obtenir le placement correct.
NOTE La quantité d'espace nécessaire pour les sous-trames individuelles peut être un périphérique
dépendant. Si vous obtenez "Erreur dans plot.new (): les marges des chiffres sont trop volumineuses", essayez à varier
dans la zone donnée pour chaque partie du graphique global.
Vous pouvez utiliser le
fig = paramètre graphique pour combiner plusieurs parcelles dans n'importe quel arrangement
dans un seul graphique. Avec un peu de pratique, cette approche vous offre une bonne affaire
de flexibilité lors de la création de présentations visuelles complexes.
De nombreuses fonctions de traçage de haut niveau (par exemple, plot, hist et boxplot) vous permettent d'inclure les options d'axe et de texte, ainsi que des paramètres graphiques. Par exemple, la suite ajoute un titre (principal), un sous-titre (sous), des étiquettes d'axe (xlab, ylab) et des plages d'axe (xlim, ylim). Les résultats sont présentés à la figure 3.8:
parcelle (dose, drugA, type = "b",
col = "rouge", lty = 2, pch = 2, lwd = 2,
principal = "Essais cliniques pour le médicament A",
sub = "Ceci est une donnée hypothétique",
xlab = "Dosage", ylab = "Réponse du médicament",
xlim = c (0, 60), ylim = c (0, 70))
Encore une fois, toutes les fonctions ne vous permettent pas d'ajouter ces options. Voir l'aide pour la fonction d'intérêt pour voir quelles options sont acceptées. Pour un contrôle plus fin et pour la modularisation,
vous pouvez utiliser les fonctions décrites dans le reste de cette section pour contrôler les titres,
les axes, les légendes et les annotations de texte.
REMARQUE Certaines fonctions de traçage de haut niveau incluent des titres et des étiquettes par défaut.
Vous pouvez les supprimer en ajoutant
ann = FALSE dans l'instruction plot () ou dans un
séparé
par () déclaration.
3.4.1 Titres
20 30 40 50 60
drugA
20 30 40 50 60
dose
Utilisez la fonction title () pour ajouter un titre et des étiquettes d'axe à un graphique. Le format est
titre (principal = "titre principal", sous = "sous-titre"
xlab = "étiquette d'axe x", ylab = "étiquette d'axe y")
15 20 25 30 35 40
drugB
Figure 3.7 Graphique linéaire de la dose par rapport à la réponse pour le médicament A et le médicament B
20 30 40 50 60
dose
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57 Ajout de texte, axes personnalisés et légendes
Les paramètres graphiques (tels que la taille du texte, la police, la rotation et la couleur) peuvent également être spécifiés
dans
Titre().
Par exemple, le code suivant produit
un titre rouge et un sous-titre bleu,
et crée des étiquettes x et y vertes qui sont
25% inférieur à la taille du texte par défaut:
titre (principal = "Mon titre", col.main = "rouge",
sous = "Mon sous-titre", col. = bleu
xlab = "Mon étiquette X", ylab = "Ma marque Y",
col.lab = "vert", cex.lab = 0.75)
La fonction title () est généralement utilisée pour ajouter des informations à un graphique dans lequel la
Le titre par défaut et les étiquettes d'axe ont été supprimés via le
ann = FALSE option.
3.4.2 Axes
0 10203040506070
Réponse au médicament
0 102030405060
Plutôt que d'utiliser les axes par défaut de R, vous pouvez créer des axes personnalisés avec la fonction axis ().
Le format est
axe (côté, à =, étiquettes =, pos =, lty =, col =, las =, tck =, ...)
où chaque paramètre est décrit dans le tableau 3.7.
Tableau 3.7 Options de l'axe
Essais cliniques pour le médicament A
Il s'agit de données hypothétiques
Dosage
Description de l'option
Figure 3.8 Graphique linéaire de la dose vs.
réponse pour le médicament A avec titre, sous-titre,
et axes modifiés
côté Entier indiquant le côté du graphique sur lequel dessiner l'axe (1 = bas, 2 =
gauche, 3 = haut et 4 = droite).
au vecteur numérique indiquant où les marques doivent être dessinées.
Tableau 3.7 Options de l'axe (suite)
Description de l'option
étiquettes vecteur de caractères des étiquettes à placer sur les marques de repère (si NULL, les valeurs à valeurs
sont utilisés).
Pos Coordonnée à laquelle la ligne d'axe doit être dessinée (c'est-à-dire la valeur sur l'autre axe
où il traverse).
Lty Type de ligne.
Col Line et tick mark color.
Las Spécifie que les étiquettes sont parallèles (= 0) ou perpendiculaires (= 2) à l'axe.
tck Longueur de chaque marque en tant que fraction de la région de traçage (un nombre négatif est
en dehors du graphique, un nombre positif est à l'intérieur, 0 supprime les tiques et 1 crée
lignes de répartition). La valeur par défaut est -0.01.
(...) Autres paramètres graphiques.
Lors de la création d'un axe personnalisé, vous devez supprimer l'axe généré automatiquement
par la fonction de traçage de haut niveau. L'option
axes = FALSE
supprime tous les axes
(comprenant
toutes les lignes de trame d'axe, sauf si vous ajoutez l'option
frame.plot = TRUE).
le
les options
xaxt = "n"
et yaxt = "n"
supprimez l'axe des x et l'axe des y, respectivement (en quittant
la
lignes de trame, sans tiques). L'énumération 3.2 est
un exemple un peu bête et exagéré
cette
démontre chacune des fonctionnalités que nous avons
discuté jusqu'à présent.
Le graphique résultant est
présenté
dans la figure 3.9.
ligne()
est couvert plus en détail au chapitre 11.
Marquages mineurs
Notez que chacun des graphiques que vous avez créés jusqu'à présent présente des marques principales mais pas
marques mineures. Pour créer des repères mineurs, vous avez besoin de
mine.tick () fonction
dans le
Ensemble Hmisc. Si vous n'avez pas encore installé Hmisc, assurez-vous de l'installer
d'abord (voir chapitre 1, section 1.4.2). Vous pouvez ajouter des marques de crédit mineures avec le code
bibliothèque (Hmisc)
minor.tick (nx = n, ny = n, tick.ratio = n)
où nx et ny spécifient le nombre d'intervalles dans lesquels diviser la zone entre
marques principales sur l'axe des abscisses et l'axe des y, respectivement.
tick.ratio est la taille de la
marque mineure par rapport à la marque principale. La longueur actuelle de la touche principale
marque peut être récupérée en utilisant
par ("tck"). Par exemple, la déclaration suivante ajoute
une marquage entre chaque marque principale sur l'axe des abscisses et deux marques entre
chaque marque principale sur l'axe des y:
minor.tick (nx = 2, ny = 3, tick.ratio = 0,5)
Spécifie les données
Augmente les marges
Plots x par rapport à y, suppression des annotations
Ajoute une ligne x versus 1 / x
Dessine les axes
Ces marques seront 50% aussi longtemps que les marques principales. Un exemple de mineur
les marques de repère sont données à la section 3.4.4 (liste 3.3 et figure 3.10).
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Ajoute des titres et du texte
60 CHAPITRE 3 Début des graphiques
3.4.3 Lignes de référence
La fonction abline () est utilisée pour ajouter des lignes de référence à un graphique. Le format est
abline (h = yvalues, v = xvalues)
D'autres paramètres graphiques (tels que le type de ligne, la couleur et la largeur) peuvent également être spécifiés
dans le
Fonction abline (). Par exemple
abline (h = c (1,5,7))
ajoute des lignes horizontales solides à y = 1, 5 et 7, alors que le code
abline (v = seq (1, 10, 2), lty = 2, col = "blue")
ajoute des lignes verticales bleues pointillées à x = 1, 3, 5, 7 et 9. Le Listing 3.3, dans la section suivante,
crée une ligne de référence pour l'exemple de médicament à y = 30. Le graphique résultant est affiché
à la figure 3.10 (également
dans la section suivante).
3.4.4 Légende
Lorsque plus d'un ensemble de données ou de groupes est incorporé dans un graphique, une légende peut
vous aider à identifier ce qui est représenté par chaque barre, une tranche de tarte ou une ligne. Une légende
peut être ajouté (pas étonnamment) avec le
fonction legend (). Le format est
légende (emplacement, titre, légende, ...)
Les options courantes sont décrites dans le tableau 3.8.
Tableau 3.8 Options de la légende
Description de l'option
emplacement Il existe plusieurs façons d'indiquer l'emplacement de la légende. Vous pouvez donner une coordonnée x, y
pour son coin supérieur gauche.
Toi
peut utiliser le localisateur (1),
auquel cas vous utilisez le
Souris
pour indiquer la légende
emplacement. Toi
peut également utiliser le mot clé
bas,
en bas à gauche,
la gauche,
en haut à gauche,
Haut,
en haut à droite,
droite,
en bas à droite,
ou
centre pour placer la légende dans le graphique. Si vous utilisez un de ces mots-clés, vous pouvez
Utilisez également l'insertion = pour spécifier un montant pour déplacer la légende dans le graphique (en une fraction
de la région de l'intrigue).
titre Chaîne de caractères pour le titre de légende (facultatif).
légende vecteur de caractère avec les étiquettes.
... Autres options. Si la légende marque les lignes colorées, spécifiez col = et un vecteur de couleurs.
Si la légende marque les symboles point, spécifiez pch = et un vecteur de symboles point. Si la
les lignes légendaires, la largeur de la ligne ou le style de ligne, utilisez lwd = ou lty = et un vecteur de largeurs ou
modes. Pour créer des zones colorées pour la légende (communes dans les tableaux bar, boîte et circulaire)
utiliser fill = et un vecteur de couleurs.
D'autres options de légende communes incluent
bty pour le type de boîte, bg pour la couleur de fond, cex
pour la taille et text.col pour la couleur du texte. Spécifier horiz = TRUE définit l'horreur de la légende
Vous pouvez personnaliser plusieurs caractéristiques d'un graphe (polices, couleurs, axes et étiquettes) à travers les options appelées paramètres graphiques. Une façon est de spécifier ces options par le biais de de la fonction par (). Les valeurs définies de cette manière seront en vigueur pour le reste de la session ou jusqu'à ce qu'ils soient changés. Le format est
par(optionname=value, optionname=value, ...). La spécification de par () sans paramètres produit une liste des paramètres graphiques actuels. L’ajout de l’option no.readonly = TRUE génère une liste des paramètres graphiques actuels qui peut être modifié.
En continuant l'exemple, disons que vous souhaitez utiliser un triangle solide plutôt que
un cercle ouvert comme symbole de traçage, et connectez des points en utilisant une ligne pointillée plutôt qu'une ligne continue. Vous pouvez le faire avec le code suivant:
opar <- par(no.readonly=TRUE)
par(lty=2, pch=17)
plot(dose, drugA, type="b")
par(opar)
Le graphique résultant est affiché en figure 3.3.
La première déclaration fait copie des paramètres actuels. Le la deuxième déclaration modifie
type de ligne par défaut en pointillé (lty = 2) et le symbole par défaut pour tracer des points vers un triangle solide (pch = 17). Toi puis génère l'intrigue et restaurer l'original paramètres. Types de lignes et symboles sont couverts par la section 3.3.1.
Vous pouvez en avoir autant par() fonctionne comme désiré, donc par (lty = 2, pch = 17) pourrait aussi être écrit comme par (lty = 2) par (pch = 17)
Une deuxième façon de spécifier les paramètres graphiques est en fournissant la valeur option = valeur paires directement à une fonction de traçage de haut niveau. Dans ce cas, les options ne sont que dans effet pour ce graphique spécifique. Vous pouvez générer le même graphique avec ce code: complot (dose, droleA, type = "b", lty = 2, pch = 17)
20 30 40 50 60
dr ugA
20 30 40 50 60
dose
Figure 3.3 Ligne de la dose par rapport à la réponse pour le médicament A avec Type de ligne et symbole modifiés Toutes les fonctions de traçage de haut niveau ne permettent pas de spécifier tous les paramètres graphiques possibles.
Consultez l'aide pour une fonction de traçage spécifique (telle que ?terrain, ? hist ou "boxplot" à déterminer quels paramètres graphiques peuvent être de cette manière.
Le reste de la section
3.3 décrit une grande partie de l'important paramètres graphiques que vous pouvez définir.
3.3.1 Symboles et lignes
Comme vous l'avez vu, vous pouvez utiliser des paramètres graphiques pour spécifier les symboles de traçage et lignes utilisées dans vos graphiques. Les paramètres pertinents sont présentés dans le tableau 3.2.
Tableau 3.2 Paramètres pour la spécification des symboles et des lignes Description des paramètres pch Spécifie le symbole à utiliser lors du traçage des points (voir figure 3.4).
cex Spécifie la taille du symbole. Cex est un nombre indiquant le montant par lequel le traçage le pch = option spécifie les symboles à utiliser lors du traçage des points. Les valeurs possibles sont montré à la figure 3.4. Pour les symboles 21 à 25, vous pouvez également spécifier la bordure (col =) et remplir (bg =) couleurs.
Utilisation lty = pour spécifier le type de ligne souhaitée. Les valeurs des options sont affichées en figure 3.5.
Prenant ces options ensemble, le code complot (dose, droleA, type = "b", lty = 3, lwd = 3, pch = 15, cex = 2) les symboles doivent être mis à l'échelle par rapport à la valeur par défaut. 1 = par défaut, 1,5 est 50% plus grand, 0,5 est 50% plus petit, et ainsi de suite.
lty Spécifie le type de ligne (voir la figure 3.5). lwd Spécifie la largeur de la ligne. Lwd est exprimé par rapport à la valeur par défaut (1 = par défaut). Pour exemple, lwd = 2 génère une ligne deux fois supérieure à la valeur par défaut.
symboles de parcelle: pch =
0
1
2
3
4
5
6
7
8
9
dix
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
Figure 3.4 Traçage des symboles
spécifié avec
paramètre pch
25
6
5
4
3
2
1
types de ligne: lty =
Figure 3.5 Types de lignes spécifiés avec
la
Paramètre lied produirait une parcelle avec un pointillé ligne qui était trois fois plus large que la largeur par défaut, la connexion points affichés comme remplis carrés qui sont deux fois plus grandes que la taille de symbole par défaut. Le résultats sont présentés à la figure 3.6.
Ensuite, regardons la spécification couleurs. Figure 3.6 Liasse de la dose par rapport à la réponse pour le médicament A avec le type de ligne modifié, Largeur de la ligne, symbole et largeur du symbole
3.3.2 Couleurs
Il existe plusieurs paramètres liés à la couleur dans R. Le tableau 3.3 montre certains des éléments communs ceux.
Tableau 3.3 Paramètres pour spécifier les couleurs
Description des paramètres col Couleur de traçage par défaut. Certaines fonctions (telles que les lignes et la tarte) acceptent un vecteur de valeurs recyclées. Par exemple, si col = c ("rouge", "bleu") et trois les lignes sont tracées, la première ligne sera rouge, le deuxième bleu et le troisième rouge.
col.axis Couleur pour le texte de l'axe.
col.lab Couleur pour les étiquettes d'axe.
col.main Couleur pour les titres.
cols color pour les sous-titres.
fg Couleur pour l'avant plan de l'intrigue.
bg Couleur pour l'arrière-plan de l'intrigue.
20 30 40 50 60
drugA
20 30 40 50 60
dose
Vous pouvez spécifier des couleurs en R par index, nom, hexadécimal,
RVB ou HSV. Par exemple, col = 1, col = "blanc", col = "# FFFFFF", col = rgb (1,1,1) et col = hsv (0,0,1) sont manière équivalente de spécifier la couleur blanche. La fonction
rgb () crée des couleurs en fonction sur les valeurs rouge-vert-bleu, alors que
hsv () crée des couleurs basées sur la saturation de la teinte val-
ues. Consultez la fonction d'aide sur ces fonctions pour plus de détails.
La fonction colors () renvoie tous les noms de couleurs disponibles. Earl F. Glynn a créé
un excellent tableau en ligne de couleurs R, disponible sur http://mng.bz/9C5p. R a également un nombre de fonctions pouvant être utilisées pour créer des vecteurs de couleurs contiguës. Celles-ci inclure l'arc-en-ciel (), heat.colors (), terrain.colors (), topo.colors () et cm.colors (). Par exemple, l'arc-en-ciel (10) produit 10 couleurs contiguës "arc-en-ciel".
Le paquet RColorBrewer est particulièrement populaire pour créer des palais de couleurs attrayants.
ettes. Assurez-vous de le télécharger (install.packages ("RColorBrewer")) avant la première utilisation. Une fois qu'il est installé, utilisez le brewer.pal (n, name) pour générer un vecteur de couleurs. Par exemple, le code bibliothèque (RColorBrewer)
n <- 7
mycolors <- brewer.pal (n, "Set1")
barplot (rep (1, n), col = mycolors)
renvoie un vecteur de sept couleurs en format hexadécimal à partir de la palette Set1. Pour obtenir un liste des palettes disponibles, type brewer.pal.info; ou tapez display.brewer.all () to
produit un graphique de chaque palette dans un seul affichage. Voir aide (RColorBrewer) pour plus d'informations détails.
Enfin, les niveaux de gris sont générés avec le Fonction gris () dans l'installation de la base.
Dans ce cas, vous spécifiez les niveaux de gris en tant que vecteur de nombres entre 0 et 1.
gris (0: 10/10) produit 10 niveaux de gris. Essayez le code suivant pour voir comment cela fonctionne:
n <- 10
mycolors <- arc-en-ciel (n)
tarte (rep (1, n), étiquettes = mycolors, col = mycolors)
mygrays <- gris (0: n / n)
tarte (rep (1, n), étiquettes = mygrays, col = mygrays)
Comme vous pouvez le voir, R fournit de nombreuses méthodes pour générer des vecteurs de couleurs. Tu verras des exemples qui utilisent des paramètres de couleur tout au long de ce chapitre.
3.3.3 Caractéristiques du texte
Les paramètres graphiques sont également utilisés pour spécifier la taille, la police et le style du texte. Paramètres de contrôle
La taille du texte est expliquée dans le tableau 3.4. la famille et le style de police peuvent être contrôlés avec les options de police (voir tableau 3.5).
Tableau 3.4 Paramètres spécifiant la taille du texte
Description des paramètres cex Numéro indiquant le montant par lequel le texte tracé doit être mis à l'échelle par rapport à le défaut. 1 = par défaut, 1,5 est 50% plus grand, 0,5 est 50% plus petit, et ainsi de suite.
Cex.axis Grossissement du texte de l'axe par rapport au cex.
cex.lab Grossissement des étiquettes d'axe par rapport au cex.
cex.main Grossissement des titres par rapport à cex.
Cex.sub Grossissement des sous-titres par rapport à cex.
Par exemple, tous les graphiques créés après l'instruction
par (font.lab = 3, cex.lab = 1.5, font.main = 4, cex.main = 2)
auront des étiquettes en italique qui sont 1,5 fois la taille de texte par défaut et les titres en italique gras deux fois la taille de texte par défaut.
Tableau 3.5 Paramètres spécifiant la famille de polices, la taille et le style alors que la taille et le style de police sont facilement définis, la famille de polices est un peu plus compliquée. C'est car les mappages de serif, sans et mono sont dépendants de l'appareil. Par exemple, sur les plates-formes Windows, mono est mappé à TT Courier Nouveau, serif est mappé à TT
Times New Roman, et sans est mappé à TT Arial (TT signifie TrueType). Si vous êtes
satisfait de cette cartographie, vous pouvez utiliser des paramètres comme family = "serif" pour obtenir le résultats que vous voulez. Sinon, vous devez créer un nouveau mappage. Sur Windows, vous pouvez créer cette cartographie via le WindowsFont () fonction. Par exemple, après avoir publié cette déclaration, vous pouvez utiliser
UNE,
B,
et C
en tant que valeurs familiales:
windowsFonts (
A = windowsFont ("Arial Black"),
B = windowsFont ("Bookman Old Style"),
C = windowsFont ("Comic Sans MS")
)
Description des paramètres police entière spécifiant la police à utiliser pour le texte tracé. 1 = clair, 2 = gras, 3 = italique, 4 = gras en italique et 5 = symbole (dans le codage des symboles Adobe).
font.axis Police pour le texte de l'axe.
font.lab Font pour les étiquettes d'axe.
Font.main Police pour les titres.
font.sub Font pour les sous-titres.
ps Taille du point de police (environ 1/72 pouce). La taille du texte = ps * cex.
famille famille de polices pour le dessin du texte. Les valeurs standard sont serif, sans et mono.
Dans ce cas, par (family = "A") spécifie une police Arial Black. (Liste 3.2 dans la section
3.4.2 fournit un exemple de modification des paramètres de texte.) Notez que le
WindowsFont () La fonction fonctionne uniquement pour Windows. Sur un Mac, utilisez quartzFonts () au lieu.
Si les graphiques seront affichés dans Format PDF ou PostScript, modifier la famille de polices est relativement simple. Pour PDF, utiliser les noms (pdfFonts ()) à découvrez quelles sont les polices disponible sur votre système et
pdf (file = "myplot.pdf",
family = "fontname")
générer les parcelles. Pour les graphiques qui sont sortie en format PostScript, utilisation
noms (postscriptFonts ()) et postscript (fichier = "myplot.ps", family = "fontname").
Voir le en ligne aidez-vous pour plus d'informations.
3.3.4 Dimensions du graphique et de la marge
Enfin, vous pouvez contrôler les dimensions des parcelles et les tailles des marges en utilisant les paramètres listé dans le tableau 3.6. Le code
Tableau 3.6 Paramètres pour les dimensions des graphiques et des marges
Description des paramètres pin Dimensions du tracé (largeur, hauteur) en pouces.
mai vecteur numérique indiquant la taille de la marge, où c (bas, gauche, haut,
à droite) est exprimé en pouces.
mar Le vecteur numérique indique la taille de la marge, où c (bas, gauche, haut, par (pin = c (4,3), mai = c (1, .5, 1, .2)) produit des graphiques de 4 pouces de largeur par 3 pouces de hauteur, avec une marge de 1 pouce sur le en bas et en haut, une marge de 0,5 pouce sur la gauche et une marge de 0,2 pouce sur la droite. Pour plus sur les marges, voir le didacticiel en ligne complet de Earl F. Glynn (http://mng.bz/ 6aMp).
Utilisons les options que nous avons couvertes jusqu'ici pour améliorer l'exemple simple. le
Le code dans la liste suivante produit les graphiques de la figure 3.7.
dose <- c (20, 30, 40, 45, 60)
drugA <- c (16, 20, 27, 40, 60)
drugB <- c (15, 18, 25, 31, 40)
opar <- par (no.readonly = TRUE)
par (pin = c (2, 3))
par (lwd = 2, cex = 1,5)
par (cex.axis = .75, font.axis = 3)
complot (dose, droleA, type = "b", pch = 19, lty = 2, col = "rouge")
plot (dose, drugB, type = "b", pch = 23, lty = 6, col = "blue", bg = "green")
par (opar)
à droite) est exprimé en lignes. La valeur par défaut est c (5, 4, 4, 2) + 0,1.
Exemple 3.1 Utilisation des paramètres graphiques pour contrôler l'apparence du graphique
D'abord, vous entrez vos données en tant que vecteurs, puis vous enregistrez le paramètre graphique actuel paramètres (afin que vous puissiez les restaurer plus tard). Toi modifier le graphique par défaut paramètres pour que les graphiques seront 5 centimètres large par 3 pouces de hauteur. De plus, les lignes vont être deux fois la largeur et les symboles par défaut seront 1,5 fois la taille par défaut. Le texte de l'axe sera être mis en italique et mis à l'échelle à 75% de la valeur par défaut.
Le premier graphique est ensuite créé en utilisant rempli des cercles rouges et des lignes pointillées. La deuxième la parcelle est créée à l'aide de diamants verts remplis et une bordure bleue et bleu pointillé lignes. Finalement, vous rétablissez l'original graphique paramètres. Notez que les paramètres sont définis avec le par() fonction s'appliquent à les deux graphiques, alors que les paramètres spécifiés dans terrain() les fonctions ne s'appliquent qu'aux ce graphique spécifique. En regardant la figure 3.7, vous pouvez voir quelques limitations dans la présentation. Les graphiques manquent de titres, et les axes verticaux ne sont pas sur la même échelle, ce qui limite votre capacité à comparer les deux médicaments directement. Les étiquettes des axes pourrait également être plus informatif.
Dans la section suivante, nous allons à la personnalisation des annotations textuelles (telles que les titres et les étiquettes) et les axes. Pour plus d'informations sur les paramètres graphiques qui sont disponible, regardez aide (par).
3.2 Un exemple simple
Commençons par l'ensemble de données fictives simple indiqué dans le tableau 3.1. Il décrit le patient réponses à deux médicaments à cinq niveaux de dosage.
Tableau 3.1 Réponses du patient à deux médicaments à cinq doses
Dosage | Response to Drug A | Response de Drug B |
20 40 45 60 |
16 27 40 60 |
15 18 25 31 40 |
Réponse posologique à une réponse médicamenteuse au médicament B
Vous pouvez saisir ces données en utilisant le code suivant: